Die bayerischen Grünen fordern eine Abschaffung der kirchlichen Privilegien in Bayern und eine Gleichbehandlung aller Religionen, einschließlich des Islam.  "In einem weltanschaulich neutralen und demokratischen Staat werden alle anerkannten Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften als gleichwertig angesehen“, heißt es laut Bericht der Zeitung "Die Welt" in einem Bericht der grünen Kirchenkommission für den Würzburger Parteitag an diesem Wochenende.  "Es findet keine Bewertung und keine inhaltliche Einmischung statt".  

Zu den kritisierten Privilegien der Kirche gehören unter anderem die Bezahlung der Gehälter der Bischöfe durch den bayerischen Freistaat, das Vetorecht bei der Besetzung der katholischen Kirche bei der Besetzung der 21 Konkordatslehrstühle für Theologie und die mietfreie Benutzung bestimmter Gebäude durch die Kirche.

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